При вставке графика на страницу, вы уже знаете, какой сайт надо показать. Значит, его идентификатор надо передать файлу настроек:

<script type="text/javascript">
// <![CDATA[
var so = new SWFObject("amline.swf", "ch_count", "500", "300", "8", "#FFFFFF");
so.addVariable("path", "./");
so.addVariable("chart_id", "ch_count");
so.addVariable("settings_file", escape("pair_settings.php?site=x"));
so.addVariable("data_file", escape("stat.php?1229353671"));
so.addVariable("preloader_color", "#BBBBBB");
so.write("count");
// ]]>
</script>

pair_settings.php выдает такой же XML, как в самом XML-файле pair_settings.xml. Но, в одном месте, а если точнее — в надо сделать что-то на подобии:

<?php print $_GET[‘site’]; ?>

«На подобии», потому что передавать адрес сайта напрямую некрасиво, лучше использовать промежуточный массив вида: array(‘siteID’ => ‘http://site.com’, …)

Хочу чтобы на графике было написано “Показатели посещаемости для сайта xxx.ru за три последних месяца”
При этом подставлялось автоматом.

Если вы точно опишите, что из чего надо получить, я подскажу, как лучше сделать.